由于水平方向和垂直方向的污染物含量差異較大，影響因素較為復雜，因此有必要采集具有代表性的樣本。在制定取樣方案時，必須獲得關于底部沉積物深度和不同深度沉積物組成的數據，以便正確解釋沉積物檢查的結果。
沉積物采樣點的設置需依據采樣目的、底泥和污染物以及現場周圍環境等的特性而定。沉積物采樣斷面的設置原則與水層采樣斷面相同，其位置應盡可能與水層采樣斷面重合，采樣點應盡可能與水層采樣點位于同一垂線上，以便將沉積物的組成、性質及污染狀況與水層的對應項作對比。
典型的沉積過程一般會出現分層或者組分的很大差別。此外，河床高低不平以及河流的局部運動都會引起各沉積層厚度的很大變化。對沉積物分布狀況比較清楚時，除在主要污染源附近、河口部位外布設采樣點外，應選擇由于地形、潮汐原因造成堆積以及底泥惡化的地點，另外也可選擇在沉積層較薄的地點。
在底泥堆積分布狀況未知的情況下，應適當增設采樣點，且采泥點要均衡設置。在河口部分，由于沉積物堆積分布容易變化，應適當增設采樣點，原則上在同一地方稍微變更位置進行采集。
由于沉積物比較穩定，受外界條件影響較小，故采樣頻率遠較水層低。一般每年枯水期采樣一次，必要時可豐水期增采一次。與水層相比，沉積物通常是不均勻的，為了提供有代表性的數據，應保證采集足夠數量的樣品。樣品采集量一般1～2kg即可。
沉積物檢測最好還是找第三方的杭州環境檢測公司，有第三方實驗室的那種，其檢測準確度和檢測項目都大有不同。
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